根据《劳动法》第七十条规定：“国家发展社会保险事业，建立社会保险制度，设立社会保险基金，使劳动者在年老、患病、工伤、失业等情况下获得帮助和补偿。”第七十二条规定：“用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。”这说明，参加社会保险、缴纳社会保险费不光是用人单位的义务，也是劳动者的义务。它是用人单位和劳动者的共同义务。对于劳动者的权利，劳动者当然可以放弃，但是对于义务，就必须履行，无权放弃。因此，即使劳动者不想参加社会保险也是不行的。
即使约定了不办理社会保险并签订了协议，但该协议因为违反法律强制性规定，损害社会公共利益而无效。单位也不能以劳动者同意不购买社会保险或者签订协议以工资补发方式替代社会保险而免除单位责任的。因此，单位仍有为办理社会保险的义务。如果不履行此义务，应承担相应的法律责任。
综上，单位把社会保险当工资发放给员工当作社会保险是违法法律规定的，不合法的。
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